В июне 2021 года в больнице прошла внеплановая проверка старшим государственным инспектором отдела мониторинга и контроля качества медицинской продукции Территориального органа Росздравнадзора по Оренбургской области. Как рассказали в пресс-службе областного суда, в ходе проверки выяснились грубые нарушения правила оборота наркотических средств и психотропных веществ. ГБУЗ «ООКБ № 2» имеет лицензию на осуществление деятельности по обороту наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров, культивированию наркосодержащих растений, предоставленную министерством здравоохранения Оренбургской области. Однако в отчете об использовании наркотических средств и психотропных веществ за 2020 год больница представила недостоверные сведения. Суд, учитывая признание вины юридическим лицом и устранение выявленных нарушений, признал ГАУЗ «Оренбургская областная клиническая больница №2» виновным в совершении административного правонарушения и назначил штраф в размере 100 000 рублей без конфискации.
Еще одно судебное разбирательство состоялось в Центральном районном суде, после которого «Оренбургская областная клиническая больница №2» оштрафована на 75000 рублей за нарушение лицензионных требований. По информации суда, медицинское учреждение осуществляло деятельность с грубым нарушением лицензионных требований. Среди нарушений - отсутствие в поликлиники оснащенных кабинетов. Так, к примеру, в кабинете магнитно-резонансной томографии не было ректальной магнитной катушки, отсутствовал набор немагнитных инструментов и дополнительное оборудование для проведения процедур. Да и кабинет врача-пульмонолога оказался не оснащенным.
В судебном заседании представитель ГАУЗ «ООКБ№2» признал вину и указал, что нарушения в настоящее время устранены.